W nowej odsłonie Wolfensteina wcielamy się ponownie B.J. Blazkowicza, amerykańskiego bohatera wojennego. Historia gry zaczyna się jeszcze w trakcie II wojny światowej,prędko przenosi się do lat sześćdziesiątych dwudziestego wieku. W tej alternatywnej wersji rzeczywistości naziści wygrali II wojnę światową przy pomocy Wunderwaffe (niem. Cudowna broń) i przejęli kontrolę nad całą Ziemią, wprowadzając tytułowy nowy porządek. Blazkowicz ponownie chwyta za broń, by zmierzyć się ze swymi odwiecznymi przeciwnikami.